Відповідно до завдань і заходів з виконання Державної цільової соціальної програми розвитку позашкільної освіти Національний еколого-натуралістичний центр спільно з Всеукраїнською Асоціацією педагогів-позашкільників «Фактор» з 2007 року проводить Всеукраїнський відкритий Рейтинг якості позашкільної освіти «Золота когорта позашкільників», метою якого є виявлення творчо працюючих педагогічних колективів позашкільних навчальних закладів, розповсюдження передового педагогічного досвіду, пошук інноваційних ідей та технологій щодо оновлення змісту навчання та виховання дітей, формування іміджу позашкільних навчальних закладів, публічного визнання внеску позашкільних навчальних закладів у розвиток системи освіти.

      Шепетівський міський ЦЕНТУМ є незмінним учасником і переможцем конкурсу з 2009 року. Не став виключенням і 2015 рік, за підсумками якого заклад вже вдруге став абсолютним  переможцем відкритого Рейтингу якості позашкільної освіти «Золота когорта позашкільників» серед профільних позашкільних закладів країни у категорії «Позашкільні навчальні заклади міського підпорядкування» і нагороджений  спеціальним Дипломом «Флагман позашкільної освіти України». Педагогічний колектив ЦЕНТУМ долучився до плеяди прогресивних позашкільників, презентувавши на розсуд журі власний досвід з проведення дослідно-експериментальної роботи. З травня 2014 року  на базі закладу діє експериметнальний педагогічний майданчик та проводиться дослідно-експериментальна робота з питання «Формування еколого-етичної компетентності та активної екологічної позиції особистості в умовах позашкільного навчального закладу еколого-натуралістичного напряму» на підставі угоди про науково-методичне співробітництво лабораторії  діяльності позашкільних закладів  Інституту проблем виховання Національної академії педагогічних наук України та Шепетівського міського центру еколого-натуралістичної творчості учнівської молоді. Предметом угоди є  спільна діяльність з питань  формування еколого-етичної компетентності  особистості  та експериментальне визначення шляхів підвищення результативності організації навчально-виховного процесу в умовах позашкільного  навчального закладу еколого-натуралістичного напряму на основі компетентнісного підходу і особистісної орієнтації  з урахуванням світового досвіду та принципів сталого розвитку.

      Наукове керівництво дослідженням здійснює Пустовіт  Г.  П.,  доктор педагогічних наук, професор, вчений секретар Відділення загальної педагогіки та філософії освіти НАПН України. Науковим консультантом є Скрипник С. В.,  кандидат педагогічних наук, доцент кафедри теорії і методик природничо-математичних дисциплін і технологій Хмельницького обласного інституту післядипломної педагогічної освіти.

      Відповідно до визначених завдань дослідно-експериментальної роботи педагогічним колективом закладу проводиться значна навчально-виховна робота, реалізуються соціально-екологічні проекти та програми, які спрямовані на   формування природоцентричного характеру екологічної свідомості дітей різного віку.